
Située dès le Moyen Age sur l'importante route nord-sud qui longe le piémont vosgien, Cernay doit aussi son intérêt stratégique au fait que la cité a été construite à l'entrée de la vallée de la Thur, elle-même axe de première importance puisqu'elle relie la mer du Nord à la Méditerranée et qu'elle constituait ce qu'on appelle communément aujourd'hui « une route du sel ».

Les origines de Cernay sont mal connues et l'on ignore si le site a vraiment servi d'habitat durant la Préhistoire. Cernay est peut-être entré dans l'histoire avec la bataille que Jules César a remportée sur Arioviste (appelée d'ailleurs « bataille de Cernay » par l'historien Philippe Dollinger dans «L'Histoire de l'Alsace» - SAEP). Cette victoire des Romains sur les envahisseurs suèves a déterminé pour plusieurs siècles la domination romaine sur la Gaule, et aurait eu lieu dans un triangle délimité par les communes actuelles de Wittelsheim, Aspach-le-Haut et Cernay. Mais rien ne prouve que cette bataille a eu lieu sur l'Ochsenfeld...
S'il existait une villa romaine dans la région de Cernay, elle a dû subir le même sort que les autres lors des invasions successives des peuplades germaniques entre le IIIe et le Ve siècles.
Cernay apparaît comme lieu-dit nommé Sennenheim en 1145 dans une donation de vignes effectuée par la famille de Frédéric 1er de Ferrette au profit du prieuré de Feldbach. En effet, la région appartenait au comte de Ferrette.

Cernay, place forte durant l'Interrègne.
Cité féodale ferrettienne, Cernay formait une seigneurie qui regroupait la ville elle-même et le village voisin de Steinbach. La forme romane « Sereney » apparaît comme « villa », c'est-à-dire village non fortifié, dans une charte transcrite sur l'urbaire de Froidefontaine en 1251.
Cependant, vingt ans plus tard, dans l'oblation que le comte Ulrich II fait à l'évêque de Bâle et dans laquelle sont énoncés tous les biens des Ferrette, Cernay est désigné comme « oppidum », c'est-à-dire place forte. En effet, entre-temps, probablement en 1268, le village de Cernay, une grosse bourgade, est entouré de remparts sur initiative d'Ulrich II de Ferrette suite, sans doute, à l'ouverture du col du Saint-Gothard qui confère à la vallée de la Thur une importance commerciale accrue. Les comtes de Ferrette font donc fortifier les lieux et bâtissent même un château à proximité de la porte sud de la ville à côté du chemin de Belfort.
En 1324, lors du décès du dernier comte, Ulrich III, Jeanne, une de ses deux filles, épouse Albert II d'Autriche. L'ensemble du comté passe sous juridiction habsbourgeoise, malgré les quelques difficultés qu'une telle succession entraîne forcément.

Ainsi, en 1347 , lorsque Otton d'Ochsenstein, bailli épiscopal de Strasbourg, renonce au fief qu'il tient à Cernay au nom de l'évêque de Strasbourg, la ville devient « autrichienne » et fera partie de l'Autriche antérieure jusqu'à la fin de la guerre de Trente Ans.
Cernay, ville martyre.
Située en plaine, Cernay a subi de plein fouet tous les aléas de l'histoire et, du Moyen Age à nos jours, a vu passer toutes les hordes belliqueuses : en 1365, Arnaud de Cervole ; entre 1375 et 1377, les « Anglais » d'Enguerrand de Coucy; en 1444-1445, les Armagnacs (ou Écorcheurs) du dauphin Louis de France ; en 1525, les paysans en révolte et évidemment, entre 1618 et 1648, les acteurs de la tristement célèbre guerre de Trente Ans. Celle-ci anéantit littéralement la ville qui était pourtant devenue, grâce à son marché à bovins de l'Ochsenfeld, une cité prospère. En effet Cernay voit son aisance se dégrader avec l'arrivée de la garnison autrichienne, elle-même chassée par les « Suédois » en 1632.

Occupée par tous les belligérants, la ville est pillée, particulièrement par les Lorrains, alliés des Impériaux (Autrichiens) après la bataille de Wattwiller en mars 1634 et après la bataille de l'Ochsenfeld, le 15 octobre 1638, qui voit la victoire du duc Bernard de Saxe-Weimar, allié des Français, sur le duc Charles de Lorraine, allié des Habsbourg.
Entre-temps, la population, estimée à 1000 personnes en 1526 et à peu près au double un siècle plus tard, est réduite à 390 âmes pour l'ensemble de la seigneurie en 1655, sept années après la fin des hostilités. Les remparts sont laissés à l'abandon, vendus comme biens nationaux durant la Révolution et rasés en grande partie au XIXe siècle.

En plus, la ville est détruite à au moins 80% pendant la première guerre mondiale, située qu'elle est aux premières loges de l'important théâtre des combats du Hartmannswillerkopf.
On comprend, après tout cela, la rareté des vestiges médiévaux dans cette ville que l'on peut qualifier de martyre.
Un quadrilatère de 300 m de côté.
Dans ses mémoires, Lazare de la Salle qualifie en 1676 Cernay de « petite ville à l'entrée de la Haute-Alsace, qui n'est fermée que d'une faible muraille ; on l'appelle Senheim en langue du pays ». Ce grand voyageur contemporain de Louis XIV (qui vint lui aussi à Cernay en 1683), voit, en fait, une ville de Cernay pas encore remise des affres de la guerre de Trente Ans.

Au Moyen Âge, le plan de la ville forme un quadrilatère quasi régulier de plus de 300 m de côté. La cité occupe une surface de 9,5 ha. Lors de sa fortification, elle est équipée de trois portes : la porte Haute (ou porte de Thann), qui communique avec la vallée de la Thur ; la porte de Belfort (ou Storckenturm), sur la route de Belfort; et la porte Neuve (ou porte de Colmar), tournée vers la plaine. Certains parlent d'une quatrième porte, dite du Miroir, au nord, qui aurait été murée pendant la guerre de Trente Ans.
Les angles de l'enceinte sont flanqués de tours cylindriques, notamment la tour des Sorcières, à l'angle des rues Latouche et du Potier, la tour des Ânes, au sud-ouest, la tour des Sorcières, au nord-ouest, ainsi que celle qui a été mise au jour en 2004 à l'angle nord-est de la ville médiévale en sont les vestiges.

Au sud, l'ancien fossé est bien matérialisé par le canal de la Thur. Au nord et à l'ouest, les anciens fossés sont occupés par des jardins. Le rempart est encore visible de la porte de Thann à la rue du Paradis (suivre la rue du Repos et la rue du Château) et l'on peut observer les fentes d'éclairage et les sorties d'éviers intégrées dans le mur.
Quant à la tour bastionnée, dans la rue James Barbier, elle pourrait constituer l'ancien donjon du château transformé en bastion (Bollwerk) pour canonnière. Selon le chroniqueur Joseph Delpierre dans son « Cernay, son passé, son présent », les remparts s'élèvent à une hauteur de 12 m et une épaisseur d'environ 1,5 m.

La porte de Thann, témoin remarquable.
Aujourd'hui, le témoin le plus remarquable du passé médiéval de la ville, la porte de Thann, retient
le plus l'attention des touristes. Cette tour constitue l'une des plus vieilles portes de ce style en Alsace, puisqu'elle remonte à 1268, année de la première fortification de Cernay. Elle subit sans doute des détériorations durant la guerre de Cent Ans et les autres troubles qui marquèrent l'histoire de la région.
La tour carrée, dont les fondations constituent la partie la plus ancienne, comporte une plate-forme crénelée. Au XVe siècle est ajouté un bâtiment, sorte de barbacane urbaine qui rappelle l'entrée ouest de Riquewihr. Cet ouvrage avancé est doté d'un pont-levis protégeant une porte et un guichet piétonnier tout en battant les fossés. Quant à la tour, son élégance est accrue par la construction d'un oriel à l'endroit jadis équipé d'une bretèche.

Vendue comme bien national en 1792, momentanément habitée, endommagée par un incendie en 1907, la tour est entièrement ravagée pendant le premier conflit mondial.
En 1920, la porte de Thann est classée monument historique.